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2014年8月5日火曜日

連鎖グラフ

http://jmlr.org/papers/volume9/ma08a/ma08a.pdf

やあ、みんな。



ある種の論文の中に相関行列が載ってたので、グラフィカルモデルを使ってちょっとした計算をやってみたよ。その結果は驚くべきものでした。

まずはデータ相関行列から無向独立グラフの作成。ここまでは同じみの手法。今回はそこから連鎖グラフの導出までやってみた。Maさんのlcdライブラリを使ったよ。そしたらすごい、DAGまで出来てしまった。



本当はv1を説明したかったのだが、この組み合わせではv1は説明する側に回ってしまった。これはある種の経済活動の量だけど、これは国民所得に正の影響を与えているようだね。プログラムは以下のとおり。Hojsgaardさんの本"Graphical Models with R"を参考にしたよ。

library(lcd)
ug <- as(bic.data,"matrix")
jtree <- ug.to.jtree(ug)
cg <- learn.mec.norm(jtree,bic.data$datainfo$data$cov,bic.data$datainfo$data$n.obs,0.01,"CG")
icg <- as(cg,"igraph")
E(icg)$arrow.mode <- 2
E(icg)[is.mutual(icg)]$arrow.mode <- 0
V(icg)$size <- 40
plot(icg,layout=layout.kamada.kawai)
じゃあ、またね。